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Guia de referência
Publicado em 26/10/2026 · 6 min de leitura

Retenção de impostos em contratos com o governo: o que MEI e ME precisam saber

Você venceu uma licitação, emitiu a nota fiscal e, na hora de receber, o valor caiu na conta menor do que o combinado. Isso quase sempre não é erro do órgão: é a retenção de impostos na fonte, uma prática comum em contratos com o governo. Para quem é MEI, ME ou EPP, entender essas regras evita sustos no caixa e, em alguns casos, até permite recuperar dinheiro retido de forma indevida. Neste guia você vai ver quais impostos costumam ser descontados, como o Simples Nacional pode livrar sua empresa de parte dessa cobrança e o que fazer para emitir a nota certa desde o primeiro contrato.

Por que o pagamento vem com desconto: a retenção na fonte

Órgãos públicos são obrigados, em muitos casos, a reter uma parte dos impostos diretamente na fonte antes de pagar o fornecedor, repassando esse valor aos cofres públicos. Isso significa que o valor líquido depositado na conta da empresa é menor que o valor bruto do contrato assinado. Essa retenção acontece principalmente em contratos de prestação de serviços, e o percentual varia conforme o tipo de tributo e o regime tributário da empresa contratada.

Simples Nacional: a regra que pode livrar MEI, ME e EPP da retenção federal

Empresas optantes pelo Simples Nacional têm tratamento diferenciado previsto na Lei Complementar 123/2006, que já unifica boa parte dos tributos federais dentro do pagamento mensal do DAS. Por isso, a legislação permite que MEI, ME e EPP fiquem dispensados da retenção de IR, CSLL, PIS e COFINS na fonte em contratos com órgãos públicos, desde que a empresa comprove a opção pelo regime no momento da emissão da nota fiscal. Quem ainda não conhece bem as obrigações desse tipo de contrato pode revisar os documentos para participar de licitações e leilões antes de assinar qualquer proposta.

  1. Declare a opção pelo Simples Nacional diretamente no corpo da nota fiscal ou em declaração anexa
  2. Mantenha seu registro de optante atualizado no portal da Receita Federal
  3. Verifique se o sistema de emissão de nota do seu município já preenche esse campo automaticamente
  4. Se a retenção acontecer mesmo assim, guarde o comprovante de pagamento para solicitar restituição depois
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ISS: a exceção que depende da prefeitura

Diferente dos tributos federais, o ISS é municipal, e cada prefeitura define suas próprias regras de retenção. Em muitas cidades, o órgão contratante retém o ISS na fonte independentemente de a empresa ser optante do Simples Nacional, especialmente em contratos de prestação de serviços contínuos. Antes de fechar negócio com uma prefeitura, vale a pena revisar como funciona vender para prefeituras e consultar a legislação municipal específica, já que o percentual retido pode variar bastante de uma cidade para outra.

Como emitir a nota fiscal certa desde o início

Grande parte dos problemas com retenção surge de erro na emissão da nota fiscal, não de má-fé do órgão público. Confira o CNAE usado no contrato, escolha corretamente entre NF-e (produtos) e NFS-e (serviços) e inclua a declaração de optante do Simples Nacional sempre que ela se aplicar. Depois de entregar o produto ou serviço, vale revisar também o que acontece depois de ganhar uma licitação para entender os prazos de pagamento e os cuidados com o fluxo de caixa.

Retenção indevida? Veja como corrigir

Se o valor recebido veio menor do que deveria porque o órgão reteve tributos federais mesmo sendo sua empresa optante do Simples Nacional, é possível pedir a restituição junto à Receita Federal. Em contratos municipais, o caminho costuma ser procurar o setor financeiro da própria prefeitura para corrigir o recolhimento. Antes de buscar novos contratos, também é interessante usar a busca gratuita de licitações para comparar editais de prestação de serviço e já identificar, no próprio edital, como cada órgão trata a retenção de impostos.

  1. Reúna o comprovante de pagamento e a nota fiscal emitida
  2. Verifique com seu contador se cabe pedido de restituição ou compensação
  3. Formalize o pedido junto ao órgão ou à Receita Federal, conforme o tributo retido

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